2008年に放送されたSFアニメ「マクロスF」の劇場版2部作の後編。2009年にロングランヒットを記録した前編「劇場版マクロスF イツワリノウタヒメ」に続き、新天地を目指して宇宙を旅する移民船団「マクロス・フロンティア」を舞台に、ナゾの生命体バジュラとの戦いに身を投じる少年アルトと歌姫シェリル、シェリルにあこがれる少女ランカが織りなすドラマを描く。前編と同じ、テレビ版の総監督を手がけた河森正治が監督を務める。
夏目的祖母玲子能看见怪物,并且拥有强大的力量。但她很早就去世了,被周围的人疏远了,只留下了一个朋友的账户。曾经被灵子打败的怪物的名字都记录在朋友账户中,这些怪物必须保护朋友账户的主人。玲子去世后,这个朋友的账号留给了夏目。