因双亲要在海外出差，所以一人留在日本的主人公以一年为期限住在了舅父的家里。之后转校到八十神高中的他得知一个深夜电视的传言在雨夜的十二时，只要看着关闭着的电视屏上自己的脸，就会浮现出另一个人的映像。
本久进入了雄英高中，这是一所著名的高中，在那里涌现了许多英雄。为了成为一个以“个性”拯救社会和人民的英雄，他和同学们一起度过了每一个充满挑战的日子。尽管奥尔默特击败了他的宿敌All For One，但他也耗尽了自己的力量，从职业英雄中退役。本久继承了他的遗产，获得了“职业英雄临时许可证”，离成为“最佳英雄”又近了一步。就在这时，本久遇到了一个叫童兴伟的三年级学生，他在雄鹰三巨头之一的职业英雄野木爵士手下校外实习。其压倒性的实力使本酒更加渴望在能够真正从事英雄活动的专业英雄公司参加校外实习。另一方面，躁动不安的“恶棍”团体，死土八章的年轻领袖，走近了继承了All For One意志的敌人“恶棍”联盟领袖死柄木雕。之后，在修炼者旁边，出现了一个年轻女孩的身影。本久和英雄候选人即将对抗新的“威胁”，新的“使命”挑战也开始了！！
为了寻找自己命运的线索，埃克斯踏上了旅途。 身世神秘的调音巫女蕾娜（上田丽奈 配音）、好爽奔放的强壮青年塔奥（江口拓也 配音）、我行我素不拘小节的少女诗音（久保田未梦 配音），一路上，埃克斯遇到了很多拥有异常生命之书的旅伴们，在结伴而行的过程中结下了深厚的友谊。
