为了报答自己的罪过，挽回失去的一切，兄弟俩踏上了寻找传说中的“哲人石”的旅程。几年后，一位右臂和左腿都被“机械盔甲”取代的国家炼金术士出现在人们面前。他被称为“钢铁的炼金术”。
故事发生在遥远的26世纪。外科医生伊德（克里斯托弗·沃尔茨克里斯托弗·沃尔兹饰）抱起一个只剩下头的机械女孩，把她带回家。她安装了最初为她死去的女儿准备的尸体，取名为Alita（罗莎·萨拉扎尔饰）。
知名建筑设计师森谷帝二这日邀请新一参加在他府上举办的茶会，柯南只得电话拜托小兰。柯南、小兰及毛利小五郎三人未入森府，已被绝对对称的宏伟建筑吸引。衣香鬓影的茶会上，森谷帝二令人诧异地大声攻击年轻设计师，讲建筑的美学准则要被他们破坏殆尽。
