当年的浪漫剑客如今纷纷尘埃落定：弥彦成长为正直善良的剑客；左之助也少却了青春孟浪，变得沧桑；剑心的儿子剑路同样拜入比古清十郎的门下，誓要成为绝世高手，却与父亲分外隔膜；剑心接受政府的任务赶赴大陆战场，为了赎回前半生的罪过而疲于奔命，逆刃刀从此封存，家中只留下病弱的阿薰苦苦等待。 这不再是关于明治剑客的浪漫谭，这是一个英雄迟暮的哀婉诗篇……
动画时间定在2022年，介于《银翼杀手》和《银翼战士2049》这两部电影之间。美国西海岸发生了一次无法解释的大规模停电，造成了粮食供应危机。全世界都指责停电是由复制品引起的，因此法律禁止复制品的复制。
平静的东京湾突然发生沉船事故。当人们还在怀疑海底火山是否爆发时，一只巨大的怪物从水中浮出水面，降落在城市里。日本政府领导成立了“不明生物大灾难省”，该省吸引了该国怪人的参与。
