三人回忆起小学时光，约定到曾经的游泳馆去。在废弃的游泳馆里，他们居然遇到了归国的松冈凛（宫野真守 配音）。意料之外的是，昔日战友凛性情大变，还对遥发起挑战，结果遥输给了他。 遥、真琴和渚决定成立游泳部，经过多番努力后，终于招募到了新成员龙崎怜（平川大辅 配音），他们以县大赛冠军为目标，进行紧张的集训。另一方面，凛所在的鲛柄学院游泳部也在为大赛作准备。他们约定，要在赛场上决一高下。充满激情和活力的游泳部，在这个夏天，开始了关于友情与青春的Free!故事。
小森朱梨（内田彩 配音）是一个身高足足有一米八的健壮女孩，参加了校田径部的她是队内的种子选手，深得同伴和教练的信赖。虽然小森外表看上去不好接近，但实际上个性却非常善良，对于他人的请求，小森无论如何都无法拒绝，虽然这样的特质给她惹出了不少的麻烦，却也令她在不知不觉之中掌握了很多他人鲜少能够掌握的特殊技能。 一头金发看上去好像一个不良少女个性却意外的单纯的西鸟惠（小泽亚李 配音）、小森的青梅竹马，沉默寡言深藏不露的根岸真子（长绳麻理亚 配音）、同班同学大谷九郎（竹下礼奈 配音），每天和好朋友们在一起，快乐的日常就此拉开序幕。
为了保护数码世界和数码兽，四圣兽之一朱雀兽接连不断的将帝魔送往人类世界，造成了危险和混乱，启人和好友牧野留姬（折笠富美子 配音）、李健良（山口真弓 配音）一起为了保护和平加入了战斗之中。不仅如此，朱雀兽还带走了掌握着数码兽进化关键的古乐兽，追随着古乐兽的踪迹，启人一行人闯入了数码世界，展开了大冒险。
