在福特父亲生日那天,一场突如其来的灾难摧毁了核电站,他的母亲也在灾难中丧生。模糊的政府隐瞒了真相,并以防止核辐射的名义封锁了该地区。但乔伊从各种异常中感觉到了异常。十五年来,他一直试图解开那天灾难的神秘面纱,最终意识到这一切都是由一个山一样大的怪物造成的。怪物哥斯拉从沉睡中醒来,不可预测的灾难席卷而来
此版《源氏物语 千年之谜》由鹤桥康夫执导,不仅使用CG,还加入动作场面和科幻效果,制作费用高达十亿多日元(折合人民币7千8百多万),于2011年12月10日在日本全国公映。
一个名叫克鲁贝洛斯(由久川雅雅配音)的会说话的玩偶出现在她面前。小可告诉她,他是守护这本书的神兽,书中封印着一种名为库洛牌的东西。现在封印解除了,它希望小樱成为一名库罗法师,并将帮助她恢复这些制造麻烦的库罗牌。第二天,一个叫李晓朗(由熊井素子配音)的转学生被调到了樱花的班。这个看起来很酷的男孩也是冲着库罗牌来的。随着库罗牌的封印,越来越多的角色出现在小樱身边,但他们的真实目的仍然未知。