20世纪，人类和被称作monster的生物们之间发生了一场很大的战争。这场激烈的令人无法想象的战争最后以monster一方的胜利告终。随着时间的流逝，人们逐渐忘记了这件事，迎来了新世纪。
司波达也（中村悠一 配音）和妹妹司波深雪（早见沙织 配音）是魔法高校的新生，深雪是能力优秀的“花冠”，而达也则是作为其替补的二科生“杂草”。在学园中，兄妹两人结识了许多有趣的同伴们——个性大大咧咧不拘小节的千叶艾丽卡（内山夕实 配音）、文静胆小的柴田美月（佐藤聪美 配音）、正直勇敢的西城雷欧哈鲁特（寺岛拓笃 配音）、认真努力的吉田干比古（田丸笃志 配音），在学习的过程中，存在于学园之中的秘密也在逐渐揭晓。
它已有2138年的历史。曾经掀起潮流的虚拟现实触觉网络游戏“YGGDRASIL”即将停产。玩家飞鼠独自一人在纳萨利克的地下坟墓里静静地等待着那一刻，这个基地曾以其同伴和荣耀而自豪。然而，出现了一种异常情况，即结束时间已经过去，但没有登录。
