三年前太空飞船猎户号坠毁学园都市，由此引发了严重的惨剧，而该事件也促成宇宙电梯恩底弥翁（Endymion）的建设。在恩底弥翁接近完工的前夕，上条当麻（阿部敦 配音）和茵蒂克丝（井口裕香 配音）揭示了热爱歌唱的少女鸣护亚丽莎。庞大的统一组织“ACCA”存在于一个被划分为13个自治区的王国中。由于过去的政变危机而成立的ACCA一百年来一直在持续维护人民的和平。ACCA总部监督部副主任吉恩·奥塔斯是该组织中最难对付的人，因此获得了“吸烟者吉恩”的绰号。
