人类为了解开「兰道夫症候群」的原因、获得异形的DNA情报以及丰富的地下资源,人们纷纷前往深渊之中。卢克,曾经是最强的机甲龙使者,被授予“最弱不败”的称号,因为他从不主动攻击他人。五年前,他目睹了他的国家因革命而死亡的情景。然而,在意外闯入女子宿舍澡堂后,他意外地遇到了新王国的丽兹·夏洛特公主。故事发生在一年的战争期间,与第一代高达的故事相似。前往地球前线工作的年轻联邦军官斯洛·山田在一次偶然的交火中遇到了敌人,基因军的女飞行员艾娜·萨哈林。