Kochi(由Reika Matsumoto配音)来自镇心镇,他的目标是成为神奇宝贝的顶级教练。在他即将踏上训练师之旅的那天,由于迟到,他没有收到最初的精灵。
在美丽的阿斯卡岛上,有一个传说,数千年前,岛上的居民非常害怕红色满月的出现。为了消除恐慌,上帝将国王的盾牌和七星剑授予了这个岛屿。然而,当七星剑和红色满月同时出现时,黑暗将主宰整个土地。
来自冥王星的巨大陨石Tanatos(希腊神话)威胁着地球上人类的安全。为了对抗Tanatos,人类正以国际太阳系开发署(ISDA)为出发点,秘密实施之前未知的开发计划“D项目”。