当明日花成为宿舍经理时,故事开始发生巨大变化。这里有一个宿舍,一群男孩住在一起,此外,曾支持过他的梦想的前学生Sashin Tan担任队长。被队长前进的姿态所打动,这朵花在忙于做饭、打扫卫生和洗衣的同时,重新找回了教学时的热情,并全力以赴地面对她的成员。
然而,面对经过了进化的新型异生兽,夜袭队亦束手无策,在这个节骨眼上,光之巨人奈克瑟斯奥特曼和它的适能者姫矢准(桐岛优介 饰)出现了。在奈克瑟斯奥特曼创造出的美塔领域中,奥特曼和异兽之间展开了激烈的斗争。孤门一辉(川久保拓司 饰)是TLT里的新进成员,当他目睹了奈克瑟斯奥特曼强大的力量后,开始对奥特曼的起源和姬矢准的神秘过往产生了兴趣。