故事发生在日本江户时代，当时一名神秘男子出现在武士桂（石田明配音）面前。他手里拿着魔剑“红樱”，要求对其进行测试。当晚之后，桂的下落不明。桂的宠物伊丽莎白（高松伸树配音）从万石屋找到了信高（Naomiya Rihui配音）和信矢加（Sakaguchi Daisuke配音），并委托他们寻找主人的下落。与此同时，银石（杉田智和饰）也被委托寻找调皮捣蛋的红樱的下落。三人的线索聚集在一艘飞艇上，由于远离警方的管辖范围，飞艇内的邪恶势力被完全隐藏起来。在那里，银石遇到了他的前战友、现任对手高崎信三（由齐安武史配音），他正带领他的幽灵军队试图摧毁江户。一边是令人发指的恐怖分子，另一边是残忍嗜血的妖刀红鹰。身受重伤的银石能否安全逃生，拯救江户？这部剧场版翻拍了《银魂》动画中的《红樱物语》，没有出现在原作中的真选组也将在故事中展示他们的技巧。
从早波的口中准确地说出了第一次约会的时间和地点，甚至是两个人发生性关系的场景，宏市不得不相信这真的是一种灵魂占有，但他的下一辈子该怎么办？面对“妻子-女儿”的双重身份，广市感到不知所措：一方面，两人无法再过正常的婚姻生活，另一方面，直子似乎很乐意通过女儿的身份体验校园生活，即使是在恋爱中。这让宏感到非常不安。两人之间的关系逐渐成为一种折磨。
在千禧年之交，一种名为“虚拟现实”的技术将被广泛应用，让人们以无限的想象力进入计算机创造的想象世界。它的创造者预测，这项技术将在人类社会的发展中发挥无数积极作用，而一些人担心它将被一些人用作控制人类思想的新方法。
