D.53年后，在粉红色樱花盛开的岛上，无数的樱花在空中飞舞，一年四季无休止。整个岛屿在冬天被粉红色的花海所覆盖。地上下着厚厚的雪，空中飘着纯白的雪花。这是一个呼出的气息变成白雾的季节，让人不愿意起床。
与此同时，一项应用面部识别系统的“新技术”的测试也在进行中。。。另一方面，柯南和一支青年侦探队被邀请到公园观看八章岛上的鲸鱼。这时，柯南接到重亚昂（赤井水一饰）的电话，被告知欧洲刑警组织成员在德国被琴久杀害。为了调查真相，柯南秘密潜入黑田警卫和其他前往“太平洋浮标”进行安保工作的警察乘坐的安保船，并进入该设施。之后，在稳步准备系统启动的设施中，发生了一起案件——一名女工程师被一个黑衣组织绑架，她的装有一定情报的U盘也落入黑衣组织手中。可怕的螺旋桨声从海里传来。而此时此刻，在八丈岛上的阿石原爱身边，也有一道黑影悄然靠近
花园花铃（中原麻衣 配音）拥有着悲惨的身世，在她尚且没有记忆的时候，父母就过世了。之后，叔母收留了无处可去的花铃。花铃虽然个性善良而又温柔，脑袋却有些笨笨的，无论是成绩也好运动也好人际交往也好，她都慢别人一步，因此常常遭到叔母的责骂。
