“新生篇章”的内容延续自第24集的内容:在第17使徒被消灭后,SEELE向NERV发出命令,要求EVA第一架飞机负责执行“人类完成计划”。然而,秀吉并不同意SEELE的做法,并拒绝执行。SEELE认定这是一种反叛行为,并决定彻底消灭NERV。黎明时分,NERV总部突然遭到战略自卫队的袭击,他们对NERV人员进行了残酷的屠杀。为了保护司机,葛成美利下令将精神崩溃的阿基拉送上第二架飞机,并将其安置在湖底深处。他亲自去营救日久真嗣。但在这一点上,Ikashi Shinji已经处于精神崩溃的边缘。
E.U.联盟和布里塔利亚帝国旷日持久的战争在皇历2010年发生转机,帝国派出压倒性的兵力突袭远东日。在很短的时间内,日本这个国家不复存在,从此作为“11区”写入历史。旧日本人民流往世界各地,饱受歧视,心中满是愤懑和不甘。