小新的失踪令美伢（楢桥美纪 配音）和广志（藤原启治 配音）感到十分焦急，就在此时，一名代号肌肉（玄田哲章 配音）的男子出现在了两人的身边，很显然，肌肉知道小新的下落和整件事情的来龙去脉，但肌肉并不愿意带着美伢和广志去寻找小新。追寻着细微的线索，美伢和广志得知小新身在香港，两人前往香港，在那里又遇见了肌肉，一行人前往神秘组织“猪蹄组”的老巢。
不久的将来，美国总统布什第四次连任。他解散了国会，并将战争蔓延到世界各地。为了持续提供能源，政府开发了一种可以将人变成僵尸士兵的病毒。出乎意料的是，病毒传播了。军方派出了一支精英队伍平息了这起事件。一名队员被咬后逃跑。。。
故事描述了在五丈原之战中病逝的诸葛孔明年轻时转世到现代东京都涩谷，那里举行了万圣节游行。于是，他遇到了词曲作者吉本英子，为了帮助英子实现梦想，孔明发挥了自己的军事才能，成为英子的军事顾问。
