在一场人类的浩劫之中，兰顿（三瓶由布子 配音）的父亲牺牲了自己，拯救了地球，被称为英雄永久的记入了史册。失去父亲后，兰顿一直和身为机械工程师的祖父相依为命。他为了死亡，选择了侦探之路…… 时为2030年代。 集合在神秘侦探明智小五郎手下的“少年侦探团”。 他们以天赋的行动力，将大大小小的事件导向解决。 某天，成员花崎健介遇到了神秘的少年小林芳雄。
