在6000多年前的古代世界,天地分离的悲惨战争仍在继续,无能为力的人类被各种强大的种族推向了灭绝的边缘。就在这时,人类的年轻领袖里克偶然遇到了基凯族的女孩Hubby。被同伴抛弃后,Hubby让Rick告诉自己“人类的心”,以解决这个问题。
校园城市与外部隔离,研究前沿技术。所有学生都经历了超能力的发展,大多通过药物、催眠和电刺激等方法获得超能力。有各种类型的能力,按范围和力量分为无能(0级)、低能力(1级)、无能力(2级)、强能力(3级)、高能力(4级)和超能力(5级)。故事开始于学园市最强的电击公主“超级电磁炮”玉坂美琴,有一天她遇到了初春尤里,她和黑子一样担任纪律委员会成员