但最终，仍有许多人落入了底层。就这样，百花王中突然出现了一个反游戏组织，拒绝了小团体的游戏方式。双方的紧张关系是由一场比赛引发的。带路的村雨天音找到了百花王最强大的蒙自，展开了一场决战。但她不想在反游戏组织中存在叛徒，于是她把这个消息传给了银村裕天音，让她进入游戏。随着战斗变得越来越激烈，蒙自率先暴露了自己的叛徒身份。然而，他不禁意识到，村上天音早就知道这一切，也想出了一个又一个技巧，最终取得了胜利。
在危急的情况下，特勤局NERV的葛成美救出了真嗣，并在西本的指挥下将他带到了NERV的总部。但迎接真嗣的是他父亲的冷酷命令：驾驶一个名为“EVA”的巨大人形机器人与使徒作战。Shinji已经表示拒绝，在看到严重受伤的替补司机Ayumi后，他决定遵守父亲的命令。就这样，从未接受过作战训练的真嗣准备驾驶长荣第一架飞机对抗使徒。不断攻击的使徒、身份不明的Ayanami、来自德国的司机Soeru Mingrika Langley和14岁的男孩面临着远远超出他们自身能力的挑战。秀吉平静地观察着一切，一个名为“人类完成计划”的神秘计划正在按照他的计划实施。
