为了寻找自己命运的线索,埃克斯踏上了旅途。 身世神秘的调音巫女蕾娜(上田丽奈 配音)、好爽奔放的强壮青年塔奥(江口拓也 配音)、我行我素不拘小节的少女诗音(久保田未梦 配音),一路上,埃克斯遇到了很多拥有异常生命之书的旅伴们,在结伴而行的过程中结下了深厚的友谊。
一天,一艘名为“I401”的潜艇出现在她面前。就这样,这群人成了潜艇的驾驶员。4月1日,一群同志聚集在潜艇里,怀抱着拯救人类的伟大理想,包括黑暗无忧无虑的吉原义弘(宫泽义弘配音)、温柔机智的八一静香(富山直也配音)、戴着面具的神秘编织和尚(松本鸣人配音)和活泼可爱敏捷的伊豆(津田美波配音),为了夺回本应属于人类的领土,与敌人展开了一场激烈的战斗。