所谓的“除妖”,即是把由于某些缘由而从原本应在的“隐世”来到“现世”停留的妖怪们送回“隐世”这一工作。某天,被妖怪附体的高中生·芦屋花绘,依靠偶然发现的联络方式,来到了专门除妖的物怪庵,在那里的是一脸不高兴的店主安倍晴斋。
海神的女儿波妞逃离深海玩耍,但被困在一个玻璃瓶里,冲向岸边。她碰巧被宗杰救了出来,宗杰住在海边的悬崖上,两人因此相遇。但是波妞的父亲,魔术师藤本,认为人类世界又脏又丑,所以他把波妞逼回了海里。
Incruz酒吧老板是雅树所在球队的球迷,也曾是大友组成员。他代球队前去交涉,未果。 雅树等人为对抗黑帮,前往冲绳购买武器。在那里偶遇因挥霍组里资金而被殴打的小混混上原(北野武 饰),几人恳求其搞来武器,后者正为资金发愁,欣然同意。 得到武器的雅树一众回到东京,开始对大友组的报复,他们最终能否成功?