近年来，Yonagi Daisuke（由Kazuki Shingo饰演）在东京的一家文具公司工作。他终于贷款，在繁华的市中心的一套高档公寓里买了自己的房子。
在危急的情况下，特勤局NERV的葛成美救出了真嗣，并在西本的指挥下将他带到了NERV的总部。但迎接真嗣的是他父亲的冷酷命令：驾驶一个名为“EVA”的巨大人形机器人与使徒作战。Shinji已经表示拒绝，在看到严重受伤的替补司机Ayumi后，他决定遵守父亲的命令。就这样，从未接受过作战训练的真嗣准备驾驶长荣第一架飞机对抗使徒。不断攻击的使徒、身份不明的Ayanami、来自德国的司机Soeru Mingrika Langley和14岁的男孩面临着远远超出他们自身能力的挑战。秀吉平静地观察着一切，一个名为“人类完成计划”的神秘计划正在按照他的计划实施。
年过七十的高桥龙三（藤龙也 饰）曾是名噪一时的黑帮头目，而今他风光不再，委身寄居在儿子龙平（胜村政信 饰）的家中，还得忍受孩子们各种指摘与批评。
