《超级机器人大战·原创世纪》的背景是新西历,人类正式开始进出宇宙2世纪,但因为2次大型陨石的坠下,人们的生活还是维持在21世纪初。到了新西历179年,第3颗陨石“流星3(メテオ3)”坠落于南太平洋的マーケサズ群岛海面。
在校园里,比藤一郎(尾井由纪配音)的“大乐透”的“好名字”广为流传。多亏了他的祝福,一郎仍然过着没有女朋友的孤独生活。这注定是不寻常的一天。首先,一郎收到了一个漂亮女孩的告白;然后,当一郎即将开始他幸福约会的梦想时,他被果断地杀死了!当一郎再次睁开眼睛时,他面前的红发女子告诉一郎,她已经复活了已经死去的他,从今天起,他将成为她的仆人。这位红头发的女人名叫里亚斯(由里科·优子配音),她的真实身份是一个恶魔。袭击一郎的女人属于“堕落天使”的行列。从里亚斯提到的“战争”和“神器”等困难术语,以及堕落天使的持续攻击中,一郎知道她简单快乐的校园生活即将结束。
因此,她获得了坚实的友谊,但也被一个由男学生石田正一(现场自由配音)领导的小组孤立和排斥。随着时间的推移,无意或故意的恶作剧逐渐升级,最终成为不可挽回的伤害,硝酸盐在所有人面前永远消失了。排斥尼子的事件曝光后,他成为了下一个欺凌的受害者。孤独而痛苦的他终于理解了妮子的隐忍和温柔,但他再也没有机会向妮子道歉。在一次意外中,江也与妮子重聚,命运的齿轮又开始转动。