转校来到学生、老师、甚至连学园长都是个性派的私立龙鸣馆的卫素奈绪。虽然对不习惯的学园生活有些不知所措,但为了喜欢的话剧,为建立话剧部而来到学生会室,这里却是学生会长雾夜艾利卡一手掌握大权的女王政治的中心。主人公与同伴为了确认这一传言是否属实,不料被拉进了异空间,在那里被称为暗影的怪物袭击,与怪物接触时主角一行人的Persona能力觉醒。为了掘开深夜电视与连续杀人事件之间的关系,以及避免其他人被卷入该事件,他们组成了特别搜查队展开了战斗。