“新生篇章”的内容延续自第24集的内容：在第17使徒被消灭后，SEELE向NERV发出命令，要求EVA第一架飞机负责执行“人类完成计划”。然而，秀吉并不同意SEELE的做法，并拒绝执行。SEELE认定这是一种反叛行为，并决定彻底消灭NERV。黎明时分，NERV总部突然遭到战略自卫队的袭击，他们对NERV人员进行了残酷的屠杀。为了保护司机，葛成美利下令将精神崩溃的阿基拉送上第二架飞机，并将其安置在湖底深处。他亲自去营救日久真嗣。但在这一点上，Ikashi Shinji已经处于精神崩溃的边缘。
愤怒的维克多来到家中，被吸毒成瘾的埃琳娜用枪逼迫。在两人对峙期间，警察桑乔和大卫（哈维尔·巴登饰演）正好路过。此前，醉驾的桑丘向同事倾诉妻子的外遇。在对峙中，大卫被维克多开枪打伤，导致下肢瘫痪，后者随后入狱。六年后，完成监禁的维克多在电视上看到了残疾运动员大卫，他代表西班牙队参加了1992年巴塞罗那残奥会，并获得了篮球金牌。维克多想报复大卫，但他成了大卫妻子的同事。在这种奇怪而神秘的情况背后隐藏着一个惊人的秘密
传说中的三助的孙子·朝永兰丸（向井理 饰）在流浪之旅的最后，到达了鬼灯村，可竟在温泉里溺水了！幸亏得到美女林医生（木村多江 饰）用人工呼吸救了兰丸，自此兰丸便对她一见钟情，并开始在村里的温泉工作。
