在火星发现的神秘箱子――“潘多拉魔盒”打开的瞬间,巨大的墙壁突然出现!故事由此开始。被称为“天空之墙”的墙壁把日本列岛分割为三部分,并由此诞生了各自的首都「东都」「西都」「北都」。
故事发生在箱庭学园,黑神目泷(丰崎爱生 配音)是学园一年级的新生,作为学校里的学生会长,黑神拥有完美的外表,优异的成绩,强健的身体和丰厚的家底,如此完美的女神,在生机勃勃的校园里会遇见怎样有趣的故事呢? 人吉善吉(小野友树 配音)是黑神的青梅竹马,两人从小玩到大,彼此之间感情十分要好。作为支持率百分之九十八的学生会长,黑神联手人吉善吉设置了“意见箱”,同好友阿久根高贵(浪川大辅 配音)、喜界岛枫夏(芽野爱衣 配音)等人一起,解决校园中的各类疑难杂症。然而,随着黑神的势力越来越大,一些不友好的声音随之而来。
新たな千年紀を迎えたデンマーク・ユトランド半島南部。 仇敵・アシェラッド亡き後、生きる目的を失ったトルフィンは、「奴隷」として地主・ケティルに買われ、彼が所有する農場で開墾作業に従事していた。