在危急的情况下,特勤局NERV的葛成美救出了真嗣,并在西本的指挥下将他带到了NERV的总部。但迎接真嗣的是他父亲的冷酷命令:驾驶一个名为“EVA”的巨大人形机器人与使徒作战。Shinji已经表示拒绝,在看到严重受伤的替补司机Ayumi后,他决定遵守父亲的命令。就这样,从未接受过作战训练的真嗣准备驾驶长荣第一架飞机对抗使徒。不断攻击的使徒、身份不明的Ayanami、来自德国的司机Soeru Mingrika Langley和14岁的男孩面临着远远超出他们自身能力的挑战。秀吉平静地观察着一切,一个名为“人类完成计划”的神秘计划正在按照他的计划实施。
在宫城县的春季高中排球预赛中,上野高中排球部经过一场激战取得了胜利,最终实现了参加全国比赛的夙愿。就在他们为全国比赛做准备的时候,有消息传来,吉山被所有日本年轻人征召入伍,以加强他们的团结。宫城县也呼吁月亮岛加强一年级的选拔,并保持团结。