故事发生在北宇治高中，黄千久美子（黑泽智也配音）刚刚进入校园，对未知的高中生活充满向往。加藤业月（浅井彩配音）是久美子的同学。在野月的极力劝说下，耳朵柔软的久美子半信半疑地加入了学校的打击乐系。从前，器乐系有着非常辉煌的历史。
表面上看来，索尼娅（田村睦心 配音）是一个扎着双马尾的金发美少女高中生，但实际上，她有着一个秘密的身份——杀手。作为一名杀手，索尼娅有着异常敏锐的神经，任何突然靠近她的生物，都会受到她的强力攻击。
14年前，第一架飞机被怀疑是第一种神化形式的觉醒带来了近三次冲击，在世界上引发了前所未有的动荡。之后，前NERV成员，如葛成梅丽（三石琴配音）逃离并建立了Wille，Wille反抗Seele和NERV。
