但妄图灭绝人类的恐怖分子“灭亡迅雷站”黑了机器人的系统使之暴走。在这样的情况下,政府成立了专门针对AI犯罪的人工智能特务机关,来镇压暴走的AI机器人,维持治安。在一系列事件中,以成为搞笑艺人为目标的主角——飞电或人成了中心人物。在被炒鱿鱼的主人公面前出现了一辆无人驾驶的高档车,然后他突然间被告知,自己要继承飞电智能公司社长的宝座……
正当他们一筹莫展之时,持有斩魂刀“弥勒丸”的死神少女茜雫突然出现,并成功驱散欠魂。露琪亚对一连串的事件颇感不安,于是回到尸魂界调查。从护廷十三队的口中,一护得知现世和尸魂界中间的断界出现新的空间,并且不断膨胀,导致现世与尸魂界相通。这一切并非自然形成,似乎有人正暗中操纵着一切,而茜雫正是这起事件的关键…… 本片根据日本漫画家久保带人的同名原著改编,系该动画的第一部剧场版。