因为在风祭流传着未确认生物的情报，以及超自然的现象之类的似真非真的传闻。瑚太朗向超自然研究会的部长，千里朱音的求助，于是展开了涉及到瑚太朗认识的学生们的调查。对于瑚太朗来说，原本只是抱着一点冒险心态而已。
人类通常采取的措施是用武力来歼灭她们，或者是—— “与其约会，使其娇羞”！ 让精灵娇羞，再通过“接吻”即可封印其力量，并转化为自己的力量。拥有这种能力的高中生五河士道，为了人类的和平，也为了拯救精灵们，从而展开了和她们之间的“约会”。士道平时要抑制曾将精灵们卷入斗争的强大灵力，有时为了保护她们也会使用这股力量，通过这样的方式，士道把夜刀神十香等精灵们一次次从危机中解救出来，人类和精灵之间的关系以及处理方法也在悄然改变…… 同时，也有一些组织使用与士道所在的”拉塔托斯克“不同的手段，与精灵们对峙。 短暂的平静即将被打破，士道等人的战争（约会）又要开始了——
19世纪宣告结束，20世纪拉开帷幕的时代……虽是天才但社交性为0的技师空乃天晴，与虽然实力高超但却胆小的武士一色小雨，由于遭遇事故而从日本漂流到了美国。为了回到日本，身无分文的两人选择的方法是参加“美国大陆横断赛车”。
