茵蒂克丝自称因拥有十万三千本魔导书而被魔法师追杀,而上条当麻靠自己的超能力也认定了少女的魔法。少女以危险为由离开上条家,上条如往日一般去学校学习,但放学回家,却发现茵蒂克丝倒在血泊之中。在科学与魔术交叉的世界中,上条当麻与茵蒂克丝的故事开始了。白天,宇久直美(樱井惠配音)是一名就读于圣波利亚学院二年级的普通女生。然而,在夜晚,她变身为侠义无赖圣女,并在朋友森三亚(井上敬子配音)的帮助下,实施劫富济贫的行动。