《灼眼的夏娜》TV第二季的故事将从小说第八卷开始讲起,以NDS游戏《灼眼的夏娜DS》中的登场人物,红世之徒,戏睡乡“メア”入侵御崎市开始开篇。据监督渡部高志所说,故事会对第一季的一些伏笔作出解释,并加入不少这个时代的小故事。20年前,劳拉(安吉丽娜·朱莉饰演)的父亲(乔恩·沃伊特饰演)在一座古墓中挖掘出的盒子里发现了一个神秘的时钟。劳拉从她父亲那里得知,这个时钟与一个神秘的组织有关。