一股平静的风吹过美丽的阿斯特拉大地。在大陆的一个角落里，失去记忆的男孩有树醒来了。他由他的小向导可可·洛、总是饥肠辘辘的美少女剑客佩科拉姆和略显冷漠的猫耳朵魔法少女凯露照顾。在命运的指引下，他们成立了一个名为“食堂”的行会。
在一个被彻底探索过的世界里，被称为“深渊”的大洞穴是仅存的秘密领域。这个巨大的垂直洞穴，无底洞，延伸到未知的地方，不仅栖息着各种奇怪的生物，还睡着今天人类无法制造的珍贵遗迹。“深渊”充满了令人难以置信的神秘特征，吸引着人们一个接一个地冒险。
这个被称为“疫苗世界”的地方在维度上与地球不同，是一个和平稳定的世界，四季如春。有一天，被封在那里的病毒之王“黑暗恶魔”逃跑了，朝着地球的方向逃跑。被这件事困扰的疫苗行业女神玛雅命令学徒守护兽麦丸追捕黑暗恶魔和他们所生的病毒。
