“新生篇章”的内容延续自第24集的内容:在第17使徒被消灭后,SEELE向NERV发出命令,要求EVA第一架飞机负责执行“人类完成计划”。然而,秀吉并不同意SEELE的做法,并拒绝执行。SEELE认定这是一种反叛行为,并决定彻底消灭NERV。黎明时分,NERV总部突然遭到战略自卫队的袭击,他们对NERV人员进行了残酷的屠杀。为了保护司机,葛成美利下令将精神崩溃的阿基拉送上第二架飞机,并将其安置在湖底深处。他亲自去营救日久真嗣。但在这一点上,Ikashi Shinji已经处于精神崩溃的边缘。
他对幼年时的泷一见钟情,为了能够在他身边,他放弃了自己的国籍和尊严,同时也背负着同僚异样的眼光。这一切都打不倒克劳斯与泷在一起的决心,但真正令他愤怒与不解的是,曾经邀请他来到他身边的泷,却对真正履行了诺言的他态度极其冷淡。 泷有着他自己的难言之隐,但高傲的性格让他在面对克劳斯的时候无法坦白自己的内心,就是在这样的情况下,克劳斯无法自持的做出了伤害泷的事情。战争开始了,对于克劳斯的谣言愈演愈烈,安全局将他作为叛徒逮捕,严刑拷问,可是克劳斯秉着对泷的忠诚不吐露半字。军方想要铲除已经毫无价值的克劳斯,就在这紧要关头,泷美丽的身影出现在了克劳斯的面前。