游戏以前作 2 年后的日本乡村小镇“稻羽市”为舞台,玩家将扮演刚转学到稻羽市八十神高中 2 年级的主角,在追查神秘连续杀人事件时,潜在的“PERSONA”能力觉醒,同时也开启了进入异世界的大门,与其他 PERSONA 召唤者一同挑战神秘的迷宫。 游戏承袭前作的基本系统并加以强化,结合校园冒险与迷宫战斗 2 大部分。冒险部分将让玩家体验与形形色色的夥伴结交与互动的过程;战斗部分则让玩家与夥伴组队深入本作全新登场的乱数产生迷宫,发挥各自的 PERSONA 之力对抗异世界的神秘怪物。
一位老同事杉浦森二(Senji Sugiura)参观了波荷车站,说服Yi Song退休后和他一起在度假村工作。然而,他被易松拒绝了,并坚信自己会用自己的生命陪伴在铁路上。由于对自己职位的坚定承诺,他们17年前去世的女儿雪子和2年前去世了的妻子静芝(鸣人大辅饰演)都不得不独自走向死亡。一松忍受着内心的痛苦。一天,一个小女孩出现了,然后另一个小姑娘来找丢失的娃娃。在一个寒冷的夜晚,一个女孩(由Hiromoto Ryako饰演)出现了,就在这时,Yi Song突然想起了她是谁