这片宁静的森林开始被人类入侵,茂密的树木被砍伐,链锯发出巨大刺耳的噪音,动物们在恐惧中逃离。松鼠的母亲正在哺乳她的新生幼崽,面对摇摇欲坠的树,她无能为力。在一种焦虑的状态下,飞松鼠抱起它们的幼崽逃跑了。一只幼崽惊慌失措地掉进了一棵大树上。
之后,一个神秘的环保组织SKBE掳走了小新一家人,而为首的,竟然是双叶里的里长四膳守(山寺宏一 配音)。原来,四膳首是一位激进的环保主义着,妄图通过一种神秘的药物将破坏环境的人类全部都变成动物,而小新捡到的神秘液体就是还尚处于测试阶段的药物,四膳守准备将美伢和广志当做实验对象进行研究。在神秘女子维多利亚(后藤邑子 配音)的帮助下,小新一行人成功出逃,他们和春日部防卫队一起,决心破解四膳守的阴谋。