与此同时,来自国外的红发学生明日香(宫村洋子配音)和玲博丽(林惠美配音)一分为二,以姐妹身份出现,给Ikari真嗣的学校生活带来了巨大的变化。此外,原作中高大帅气的原型也将以娇小可爱的形象作为学院的一部分出现在动画中。该动画以《新世界福音战士》中的人物为原型,取代了原作沉重严肃的氛围,描绘了轻松愉快的校园生活。制作团队首次采用3D Q版设计,搭配逼真的背景和2D拼接,创造出多样化的绘画风格。
前作《A Kite》的故事结束几年之后,宇宙空间站中,各位队员边吃着宇宙食品边抱怨食品的难吃,宇航员野口折外也是其中的一员。过几天是他女儿野口百合花的生日,他托付营养员土井光一将礼物寄送给女儿。