その道中、一行は正体不明のポケモン「プニちゃん」を旅に連れていくのだが、「プニちゃん」は謎の集団・フレア団に狙われていた。 击败了第七道馆的道馆训练家葛吉花后,小智一行人继续以收集齐八枚徽章为目标向映雪市进发。在旅途中,他们遇到了正体不明的绿色生物“小软”(基格尔德·核心)及为其目标而行动的神秘团体“闪焰队”。
游戏以前作 2 年后的日本乡村小镇“稻羽市”为舞台,玩家将扮演刚转学到稻羽市八十神高中 2 年级的主角,在追查神秘连续杀人事件时,潜在的“PERSONA”能力觉醒,同时也开启了进入异世界的大门,与其他 PERSONA 召唤者一同挑战神秘的迷宫。 游戏承袭前作的基本系统并加以强化,结合校园冒险与迷宫战斗 2 大部分。冒险部分将让玩家体验与形形色色的夥伴结交与互动的过程;战斗部分则让玩家与夥伴组队深入本作全新登场的乱数产生迷宫,发挥各自的 PERSONA 之力对抗异世界的神秘怪物。