由于长距离子空间导航造成的时间和空间扭曲,导致人类返回的地方在20000年后变成了“地球””。在这个地球上,主人公庆南等人在被哥斯拉攻击的同时,与埃切弗族和比尔沙尔德族的外星人一起,实施了20年的“对抗哥斯拉的战术”,并通过一场致命的战斗成功击败了哥斯拉。但喜悦并没有持续太久。真正的哥斯拉“哥斯拉地球“隐藏在地下深处的东西出现了。在长达2万年的持续生长和生存过程中,青南和其他人在哥斯拉压倒性的破坏力面前分崩离析,哥斯拉进化成了这种姿态。拯救青南的人被认为是人类的残余,即米亚纳的富图阿人。富图阿是他们在地球上遇到的第一个人类。他们会是人类的后代吗。“福图亚之神也被哥斯拉打败了,现在只剩下鸡蛋了。挑战者和抗议者都被火焰吞噬了,消失了。”面对他们,庆南回答说,“这是用人手夺回地球的最后机会。”,注意到Fortuya使用的箭头是由“对金属体和纳米的自律思考”制成的,他很高兴。这是由与“机械哥斯拉”相同的材料组成的,他们在21世纪在富士山脚下开发了“对抗哥斯拉的决定性武器”,并在启动前被摧毁。这恰恰证明了当时的开发设备在今天仍然存在。
小新的失踪令美伢(楢桥美纪 配音)和广志(藤原启治 配音)感到十分焦急,就在此时,一名代号肌肉(玄田哲章 配音)的男子出现在了两人的身边,很显然,肌肉知道小新的下落和整件事情的来龙去脉,但肌肉并不愿意带着美伢和广志去寻找小新。追寻着细微的线索,美伢和广志得知小新身在香港,两人前往香港,在那里又遇见了肌肉,一行人前往神秘组织“猪蹄组”的老巢。