十年前，五个男孩和女孩闯入游乐园一个封闭的鬼屋玩耍，最后，其中一个叫富山由纪（松本花奈饰演）的男孩凭空消失了。之后，男孩川岛铉（广冈隆史饰演）（中岛隆子饰演）的母亲去世，他也随父亲搬到了另一个城市。
神山健二和荒木真司拓展了标志性科幻系列《攻壳机动队》的视野，带领大家畅想2045年的未来世界。电子脑犯罪案件再次到来，身强力壮的人造人Suko Caosha带领公安九班查看并打击此案。
在大都市的喧嚣中，从来没有人注意到角落里有一个可怕而寒冷的存在。没有人知道他的名字（藤原龙雄饰演），但这个人可以用他的目光操纵任何出现在他视线中的人。一个经历过悲惨童年的操纵者，独自走在大街小巷，依靠超能力过着漫无目的的生活。
