2031年,由于作为下一代能源设备开发的“量子反应堆”的爆炸,世界发生了巨大变化。从地下传播的突然闪光吞没了城市建筑,覆盖了土地,最终,超越并融合了生物学、机械和植物的未知而独特的进化有机体“B.R.A.I”出现了。新学期刚开始,高中生·坂井悠二一如往常过着“日常生活”。然而有一天,他冷不防遭遇红世之王手下的侵袭。受到一名能够把人的存在化为灵火,并吸取灵火的神秘男子法利亚格尼的攻击。悠二的“日常”生活因此整个脱节,然而就在同一时间,一名少女出现在他面前。