救了青叶的是名叫弓原雏（早见沙织 配音）的少女，表面上看来她不过是青叶的同班同学，可实际上，雏来自于未来，专程为了保护青叶而潜伏在他的身边。一场意外将青叶和雏带往了未来世界，在那里，青叶亦成为了机体驾驶员，并结识了他一生的挚友迪奥（内山昂辉 配音），在这个充满了危机和战斗的世界中，青叶能够生存下来吗？
他们选择了大富的家乡，相信在他们具有源头意义的出生地，他们可以得到来自四面八方的援助。然而，这两个人性格不清，外表不吸引人，还不了解促销的要点。家里的亲戚都反对他们从事这个行业，他们以前的同学态度冷淡。“红果汁”的销售前景依然黯淡。在事业再次触礁后，两人开始在一个偏远的小镇上过着平凡的生活，但他们仍然在心里等待着人生转折点的突然到来
值此危急时刻，公安九课少校的草薙素子（坂本真绫 配音）率领队员巴特（松田健一郎 配音）、陀古萨（新垣樽助 配音）等人迅速展开行动，与恐怖分子和黑客展开连番恶斗。这支个性满满且身怀绝技的机动部队，还要追溯到2027年6月的某天。时任陆军机密部队501机关中佐的真室在街头被人杀害，公安9课课长荒卷大辅（塾一久 配音）在墓地与生化人草薙素子首次邂逅。后者接受荒卷的委托追查真相，在这一过程中和巴特等人邂逅。这正是一段传奇部队“攻壳机动队”成立前夕的故事…… 本片根据士郎正宗的原作改编。
