新干线超进化研究所为了从诞生于“漆黑新干线”的巨大怪物体手中守护日本的未来， 人们开发了“新干线变形机器人SHINKALION”。 具备与SHINKALION较高适合率的孩子们成为驾驶员， 与研究所员齐心协力，面对强大的敌人！ 究竟“漆黑新干线”的目的是……。孩子们能否守护日本的未来……。 变身！SHINKALION！
如今，面对两股难以控制的强大力量，崔士坦王子却无计可施：一边是以他父亲、七大罪团长“愤怒之罪”梅里奥达斯为首的魔神族，一边是以他母亲伊丽莎白为首的女神族。伊丽莎白的生命受到威胁，崔士坦却逃亡到爱丁堡，投靠曾为里欧涅丝王国“苍天之六连星”圣骑士之一的戴斯皮亚斯。可是，戴斯皮亚斯又有什么动机呢？ 命运之轮开始运转，连七大罪也不可幸免。
