1989年,日本。乔纳森·乔斯达和迪欧决战一百年后,迪欧复活了。与此同时,约瑟夫的孙子近条太郎发现他有替身的能力,而迪欧的复活影响了对替身没有抵抗力的母亲,并陷入了危急状态;为了救他垂死的母亲,成太郎和约瑟夫出发前往DIO所在地——埃及。
某日,在同MU激烈交火之时,一位名为神名绫人(下野紘 配音)的平凡少年意外的来到了位于东京湾的地下神殿之中,在这里,绫人见到了巨型机器人“Rahxephon”,并且成为了它的驾驶者。 在神秘女子的紫东遥(久川绫 配音)的带领下,绫人来到了防护壁之外,加入了TERRA,并且在那里遇见了名为如月久远(桑岛法子 配音)的女子。MU组织对TERRA发起了进攻,当TERRA的存亡陷入危机之中时,绫人再一次驾驶着Rahxephon,成为了这个组织的救世主。