YUI是一个更健康的男孩，有能力治愈怪物的心脏，他小时候从父亲那里得到了一个神奇的瓶子。当Yu触摸瓶子时，她从液体中出来，默克。默克公司在你见到余之前没有任何记忆，他说他想知道自己是谁，两人去了不同的国家旅行。
卡卡西（井上和彦 配音）等人则负责侦查空之团的老巢，鸣人（竹内顺子 配音）、小樱（中村千绘 配音）、雏田（水樹奈々 配音）受命组成三人医疗小队，协助名医神农（石塚運昇 配音）前往其徒弟雨琉的家乡医治伤者。另一方面，病入膏肓的大蛇丸得知神农的再生之术业已完成，他命佐助（杉山纪彰 配音）前去寻找神农。这也促成佐助和昔日伙伴宿命的重逢…… 本片为《火影忍者》第五部剧场版动画。
