左翔太郎(桐山漣 饰)和飞利浦(菅田将暉 饰)合体变身为假面骑士W,风都警署警官照井龙(木ノ本嶺浩 饰)则化身假面骑士阿克塞尔,与入侵的Dopont进行殊死搏斗。在国际特务调查机关员玛丽亚•S•克兰贝蒂(杉本彩 饰)的协助下,正义战士们击退了入侵者,却发现他们原本都是佩戴了盖亚记忆体的普通市民。从玛丽亚的口中得知,国际重犯大道克己(松岡充 饰)及其邪恶组织“Never”的成员们劫持了编号A~Z的26个盖亚记忆体,他们更阴谋占领风都。 一场激烈的正邪战争即将展开……
在10年后东牧城爆发的“圣杯之战”中,由于被称为“圣杯战争”之一的关东家首领关东脏砚的参与,这场战争变得更加变形、扭曲和恶化。作为参与战斗的宫主,卫宫侍郎也受伤了,失去了英雄Saber。然而,为了保护小樱,侍郎并没有退出战斗。而为四郎的身体感到担忧的小樱,也逃不过魔术师自己的命运