故事发生在一所名为第三届东京西弘NERV的学校,校长是严肃沉默寡言的德川一原(Tomohiki配音)。作为校长的儿子,日娜·真嗣(由绪方惠美配音)感受到了很大的压力。康对韦器重并收小宝为义子,小宝得以重过浪漫生活,与从曾几何时,一个神秘奇怪的生物(关智一 配音)将月球的70%蒸发掉,并且扬言在次年的3月破坏地球。为了捍卫地球,各国政府出动军队,调派最先进的武器攻击这个可怕的怪物,可是他们用尽了各种办法,却没有起到任何效果。