东京在不久的将来。车厢被分开,火车运行,人们拥挤不堪,有一种随意的日常场景。小镇的天空中突然出现了一个黑点。该点增加了观看和吞噬城镇的规模。汽车、火车和人。。。东京被一个几十公里长的黑色圆顶所覆盖。停止扩张的黑点特写。
然而,和平却没能一直持续下去,雫丘的上空突然出现了谜样的时空城,以及呼喊着“封印所有奥特曼”的超时空魔神艾塔鲁伽和女战士阿蕾娜(小宫有纱饰)。银河和维克特利同UPG一起与艾塔鲁伽、阿蕾娜展开了战斗,但却遭遇了苦战。 战斗中,从别的宇宙赶来的青年春野武藏(杉浦太阳饰)和赛罗奥特曼出现了。为了打倒艾塔鲁伽,赛罗给光、胜(宇治清高饰)进行了特训。UPG也为了解救被封印的奥特曼,和武藏一起突入进了时空城…
讲述江户时代、德川幕府时期,为寻找传说中的龙之宝玉,牙神兽兵卫与柳生一族等各方豪杰展开了殊死搏斗……