Ikashi Shinji,成为“第三次冲击”的罪魁祸首,变得像一个无用的人。。。真嗣还能振作起来吗?继2012年《福音勇士》新剧场版:Q之后,这部动画告诉了这个密封故事的续集。
女高中生Kawamoto Kanai和她的朋友Pez、Saint和Aman过着正常而有趣的生活,直到骑摩托车的太空警察Haruko闯入他们的生活。
很久以前,奥德赛号等神秘生物入侵了太阳系,导致人类流离失所,并能够乘坐一艘行星大小的巨型宇宙飞船Sidnia在浩瀚的宇宙中漫游。经过漫长的一千年,西德尼亚的居民已经一百年没有遇到任何奇怪的居民了。