森丘耕平（神谷浩史 配音）是一名自由摄影师。某一日，在一处德国古堡拍摄的耕平意外的和被囚禁在其中的少女叶月（斎藤千和 配音）相遇了。原来，叶月是吸血鬼，在吸了耕平的血后却意外的发现耕平是一名可以将她的念咒无效化的能力者。
Wille指示Akira（由Yuko Miyamura配音）和Shinri（由Masayama Sakamoto配音）夺回被封在卫星轨道上的Choku飞船和Hina Shinji（由Keimei Ogata配音），但Shinji被绝对禁止登上Choku飞船。无知的真嗣感受到了周围的敌意，跟随Ayanami（由Hyumi Lin配音）登上了突然入侵的9号航班，回到了千疮百孔的NERV总部。在这里，他意外地与朝思叶心目中的Ayanami重聚。他还从父亲那里得知，他将与漂亮的年轻人石田正久一起驾驶第13架飞机。时隔14年，其间的沧桑和情感纠葛让真嗣不知所措。看似温和的长崎为他揭示了各种不可思议的真相。。。这部电影是长荣新剧场版三部曲的第三部。
之后，光明寺博士莫名其妙地死于一场事故，留下了目前正在上大学的女儿Mizu（川川爱美饰演）和未成年的儿子Komori（池田裕多饰演）。一天晚上，这对兄弟姐妹被一群身份不明的人绑架了。在一次危机中，一个神秘的人来帮助他们。后来，这名男子出人意料地以战斗机器人的身份出现了。他就是光明寺博士生前专门安装了良心电路的智能机器人次郎（井上圣一饰演）。光明寺兄弟姐妹的命运因此与次郎交织在一起，一场更大的危机和阴谋正在向他们逼近
