故事内容延续第一部TV版攻壳机动队STAND ALONE COMPLEX的剧情继续发展。但TV版的2部作品与剧场版无甚联系,可以看做是两个平行世界里发生的事情。 这次TV版第2季的制作班底与第一部相同,同时剧情表达上和第一季一样,每话由不同故事构成,各自独立成章,却贯穿着同一条主线。在剧情上同时电影版导演押井守也参与了协力,不过电影版中凄凉的气氛没有在TV版第二季中体现。
主人公朝仓纯一进入风间学院,继续过着自己的校园生活。他的流行语“太困了”消失了,变成了一个外向、勤奋、热爱运动的年轻人。此时此刻,他的两个姐妹,两年前离开的朝仓银梦